København, Aarhus, Esbjerg kommuner har været med i udvikling af Flexuddannelsen fra projektets start. Senere er Ishøj, Vallensbæk, Brøndby, Gentofte og Tårnby trådt ind i projektet. De unge, Flexuddannelsen er rettet mod, er efter afsluttet STU oftest på offentlig forsørgelse og er henvist til jobcentret, som skal støtte dem i at komme videre i uddannelse eller beskæftigelse. De unge er enten på aktivitetsydelse eller i ressourceforløb, og målet med flexuddannelse er, at de unge opnår uddannelse på et niveau, der gør det muligt for dem efter afsluttet Flexuddannelse at få og blive fastholdt i et fleksjob i den branche, de er uddannet i.

Kommunerne medfinansierer desuden uddannelsen af de unge.

Aarhus, Esbjerg og Københavns kommuner indgår i projektets koordinationsgruppe. Dette samarbejde har blandt andet medført at Beskæftigelsesministeren i 2018 har udstedt en forsøgsbekendtgørelse, der gennem et fortsat tæt samarbejde mellem kommunerne og Glad Fonden muliggør en glidende overgang fra uddannelse til fleksjob. En vej, der ifølge LAB lov og uden forsøgsbekendtgørelsen erfaringsmæssigt kan være en langvarig proces, som indebærer en stor risiko for, at de unge ville tabe deres nyerhvervede kompetencer, inden de nåede frem til en ansættelse.