København, Aarhus og Esbjerg kommuner har været med i udvikling af Flexuddannelsen fra projektets start. Senere er Albertslund, Brøndby, Favrskov, Frederiksberg, Gentofte, Hvidovre, Ishøj, Randers, Vallensbæk, Skanderborg, Solrød og Tårnby trådt ind i projektet. Siden februar 2025 har alle kommuner kunne visitere elever til Flexuddannelsen, som dog stadig kun udbydes i København, Aarhus og Esbjerg.

De unge, Flexuddannelsen er rettet mod, er efter afsluttet STU oftest på offentlig forsørgelse og er henvist til jobcentret, som skal støtte dem i at komme videre i uddannelse eller beskæftigelse. De unge er enten på aktivitetsydelse eller i ressourceforløb, og målet med flexuddannelse er, at de unge opnår uddannelse på et niveau, der gør det muligt for dem efter afsluttet Flexuddannelse at få og blive fastholdt i et fleksjob i den branche, de er uddannet i.

Kommunerne medfinansierer desuden uddannelsen af de unge.

Aarhus, Esbjerg og Københavns kommuner indgår i projektets koordinationsgruppe. Dette samarbejde har blandt andet medført at Beskæftigelsesministeren siden 2018 har udstedt en forsøgsbekendtgørelse, der gennem et fortsat tæt samarbejde mellem kommunerne og Glad Fonden muliggør en glidende overgang fra uddannelse til fleksjob, hvilket er medvirkende til de gode beskæftigelsesresultater.